Meirihluti allra vöruviðskipta Íslands er við ríki Evrópusambandsins. Í krafti samningsins um Evrópska efnahagssvæðið eru ESB-ríkin langmikilvægasta markaðssvæði Íslands, hvort sem horft er á innflutning eða útflutning.
Undanfarið hafa komið upp dæmi um misræmi í tollflokkun vara á milli Íslands og ESB. Þau varða flest landbúnaðarafurðir, enda eru þar mestir hagsmunir á ferð; Ísland leggur eingöngu tolla á matvörur og blóm.
Munað getur háum fjárhæðum hvernig búvara er tollflokkuð, bæði vegna þess að íslenzk stjórnvöld leggja mismunandi tolla á ólík tollskrárnúmer og að samið hefur verið við ESB um lækkaða tolla eða tollfrelsi á sumum tollskrárnúmerum en ekki öðrum.
Ýmis dæmi eru um fyrirtæki sem hafa flutt inn vörur á tilteknum tollskrárnúmerum í góðri trú vegna þess að útflytjandi í ESB-ríki hafði vissu fyrir því frá þarlendum tollayfirvöldum að þannig ætti að flokka vöruna, en svo fengið bakreikning frá íslenzka tollinum.
Mismunandi tollflokkun og túlkanir á alþjóðlegu tollskránni eru því augljós viðskiptahindrun á EES. Í nýlegum úrskurði tollstjóra í deilumáli um tollflokkun segir að „tollskrá ESB og skýringabækur hafa í raun ekkert gildi hvað tollflokkun þessarar vöru varðar eða tollflokkun á Íslandi yfirleitt“.
Aðalfundur Íslensk-evrópska verslunarráðsins hvatti á dögunum stjórnvöld til að fara í vinnu við að samræma tollskrá og tollflokkun á Íslandi og í ESB. „Að tollflokka vöru með öðrum hætti en gert er á stærsta markaðssvæði íslenskra fyrirtækja getur […] búið til skálkaskjól fyrir íslensk stjórnvöld til að fara ekki að skuldbindingum sínum um tollfrjáls viðskipti samkvæmt EES-samningnum eða tvíhliða samningum við ESB,“ sagði í ályktun aðalfundarins, sem send var á fjármálaráðherra og utanríkisráðherra. Boltinn er hjá þeim.